Filogeografía: Análisis de datos de secuencias de ADN y microsatélites
INTRODUCIÓN
La filogeografía es el estudio de los procesos evolutivos y demográficos que han generado la distribución geográfica actual de las poblaciones de una especie. Este estudio es multidisciplinario porque asocia la distribución geográfica de los individuos con la genealogía de genes, y herramientas de genética poblacional y filogenética. Adicionalmente, el análisis filogeográfico se apoya en datos generados por otros campos de estudio científico como por ejemplo la paleogeografía, la geología o la ecología.
La filogeografía permite inferir eventos del pasado como expansiones poblacionales, cuellos de botella, vicarianza y dispersión. La filogeografía ayuda a aplicar preguntas y herramientas biogeográficas al nivel de poblaciones y además, posee gran importancia en conservación ya que puede determinar unidades evolutivas que serían prioritarias para la protección y mantenimiento de ciertas especies.
En los últimos años la filogeografía ha tenido un gran avance asociado al desarrollo computacional, avances en la biología molecular y la teoría de coalescencia, que en conjunto permiten analizar una mayor cantidad de datos, con más precisión y en un tiempo menor. Consecuentes con estos avances, el Postgrado en Ciencias Biológicas de la Univesidad del Valle ofrece el curso, Filogeografía: análisis de secuencias de ADN y microsatélites.
OBJETIVOS
Generar una visión crítica sobre la filogeografía actual, las herramientas de análisis más utilizadas y sus diferentes aplicaciones.
Desarrollar habilidades en el uso de diferentes programas para el análisis de secuencias de ADN y de microsatélites, ya sea utilizando datos propios o tomados de bases de datos públicas.
La gran mayoria de los estudios filogeográficos vienen de Norte América y Europa. Este curso tendrá un énfasis en los Neotrópicos. Los estudiantes del curso en la UniValle pueden llevar sus proprios datos o re-analizar ejemplos publicados de estudios filogeográficos sobre especies y comunidades americanas. Hablaremos de las motivaciones, los problemas potenciales, y la importancia de hacer estudios filogeográficos en los Neotrópicos en general y en Colombia especificamente.
METODOLOGÍA
Cada día durante la semana se dictarán 2 a 4 horas de teoría, y despué 3 a 5 horas de práctica del laboratorio de sistemas. Durante el laboratorio aprenderán a utilizar software para el análisis de secuencias de ADN o microsatélites.
TAREAS
Trabajando de manera individual o en parejas, los estudiantes al final del curso presentarán los resultados de los análisis de sus datos propios o una propuesta para un futuro estudio filogeográfico incluyendo la teoría y metodología que aprendieron durante la semana.
SE OFRECE A
Profesionales, estudiantes de postgrado y docentes que se encuentren trabajando diversas disciplinas de las Ciencias Biológicas y Bioinformática, incluyendo biología marina, zoología, botánica, genética, entomología y sistemática. Se asume que los estudiantes han tomado antes un curso pre- o posgrado de genética (muy importante) y un curso sobre sistemática y taxonomía.
TEMAS
Análisis de secuencias de ADN:
Datos públicos (Genbank y BLAST)
Teoría y uso de modelos coalescencias
Modelos de evolución molecular
Tiempos de divergencia
Pruebas de hipótesis nulas
Filogeografía comparativa
Análisis de microsatélites:
Problemas en el genotipaje y soluciones
Análisis de estructura poblacional
Análisis poblacional Bayesiano
Análisis espacial poblacional.
PROFESOR Y ORGANIZADOR DE LA UNIVERSIDAD DEL VALLE
Profesor Heiber Cárdenas Henao.
PROFESORES INVITAD@S
Profesor Andrew J. Crawford, de la
UniAndes, Bogotá, y
Instituto Smithsonian para Investigaciones Tropicales (STRI).
Dra. Ivania Cerðn Souza, de
STRI.