Programa detallado del curso de
Filogeografía: Análisis de datos de secuencias
de ADN y microsatélites
La lectura obligatoria para cada día ("leer") será un artículo sobre teoría, un repaso, o un estudio empírico basado en datos nuevos. Además, para cada día les ofrecimos a los alumnos uno o más artículos adicionales ("discrecional"), relacionado a los Temas del día. Cada laboratorio de sistemas ("lab") destacará y enfatizará los Temas del día, también.
Nota bene: La lista de lectura está sujeta a cambios todavía.
La última modificación de estas páginas se realizó en el: 03 de junio de 2009
primer día: lunes, 22 de junio
8:00-9:00 Introducción a la filogeografía. (Cárdenas, Crawford, Cerón)
9:00-10:00 Manejo de muestras y datos (Crawford, Cerón)
10:00-12:00 Coalescencia I: polimorfismo y pruebas de neutralidad (Crawford)
leer: Rosenberg y Nordborg (2003);
Avise et al. (1987), el olvidado clásico!
discrecional: Wakeley (2009) Chapter 1,
Chapter 2,
Chapter 3, y sobre todo el
Chapter 4.
lab 1 (2:00-3:00): Buscando datos publicados y públicos en GenBank y TreeBASE.
lab 2 (3:00-5:00): Simulación de coalesencia; SIMCOAL (version 1), FigTree, dnaSP.
Día 2: martes, 23 de junio
8:00-10:00 Coalescencia II: entre especies (Crawford)
10:00-12:00 Modelos de evolución molecular (Crawford)
leer:
Degnan y Rosenberg (2009).
discrecional:
Foster (2001). Unas páginas de MBL sobre DNA substitution models. También hay un repaso detallado por
Liò y Goldman 1998.
lab 3 (2:00-3:00): Árboles de genes v. árboles de especies; STEM.
lab 4 (3:00-5:00): Escoger entre modelos; Modeltest, PAUP*.
Día 3: miercoles, 24 de junio
8:00-10:00 Tiempos de divergencia: Filogenética (Crawford)
10:00-12:00 Tiempos de divergencia: Coalescencia (Crawford)
leer:
Bromham y Penny (2003);
Arbogast et al. (2002).
discrecional: Hey y Machado (2003);
Hey (2005) .
lab 5 (2:00-3:00): Prueba de la hipótesis del reloj molecular; PAUP*, PATHd8.
lab 6 (3:00-5:00): Divergencia de poblaciones v. genes; IMa.
Día 4: jueves, 25 de junio
8:00-10:00 Filogeografía sencilla: inferencias (Crawford)
10:00-12:00 Filogeografía comparativa: Pruebas de hipótesis (Crawford)
leer:
Lessa et al. (2003); Wang, Crawford y Bermingham (2008).
discrecional:
Knowles y Maddision (2002).
lab 7 (2:00-3:00): Redes de haplotipos; Network, TCS.
lab 8 (3:00-5:00): Pruebas de topología y demografía; PAUP*, MrBayes, dnaSP.
Día 5: viernes, 26 de junio
8:00-10:00 Análisis poblacional usando microsatélites (Cerón)
leer: Excoffier y Heckel (2006);
Pompanon et al. (2005).
discrecional: Balloux y Lugon-Moulin (2002).
lab 9 (10:00-12:00): Presencia de alelos nulos y/o problemas en el genotipaje; Microchecker.
lab 10 (2:00-3:00): Microsatellite tool kit y convert.
lab 11 (3:00-5:00): GenAlEx, Arlequin y Genepop.
Día 6: sábado, 27 de junio
8:00-10:00 Análisis poblacional bayesiano usando microsatélites (Cerón)
leer: Pritchard et al. (2000);
Manel et al. (2005).
discrecional: Manel et al. (2003);
Escudero et al. (2003);
Beaumont y Rannala (2004).
lab 12 (10:00-12:00): Análisis bayesiana I; Structure.
lab 13 (2:00-3:00): Análisis bayesiana II; BAPS.
lab 14 (3:00-5:00): Estructura genética espacial; Geneland y SpaGeDi.